一方終了のタイミングは、勢いがなくなった、コーナーの元ネタとなった番組が終了、元ネタの新コーナーは告知後の次の週に始まり、コーナーが終了する際には通常岡村の「ネタハガキとネタメールは岡村がすべて選出して読む。一方、コーナー「ファミリークラブ」に送られてきたハガキとフツオタ、メールは矢部が選出して読む。ただし、番組初期は矢部もネタハガキを読んでいたことがある。 毎年恒例となっている行事がいくつか存在する。長く聴き続けているヘビーリスナーにとって欠かせない1年の通過儀式となっている。

岡村は、このような面白くしようと努力する職人の気持ちに応え、事前に物まねの練習をしたり、ネタのシチュエーションや構成が適切でない場合に訂正・脚色を行ったりしている。 岡村・矢部が出演した番組・映画・舞台・イベントなどの裏話や見所が語られる事も多く、番組初期の頃には「仕事の現場で起きた失敗や体験談を他では喋らず、フリートーク用に温存している」旨も語られた。裏側についてのトークはリスナーも楽しみにしており、その人気のバロメーターはリアクションメールやハガキの数で判断されている。 「ナイナイのオールナイトニッポン」ハガキ職人から放送作家へ！ 今や日本を代表すると言っても過言ではない、 よしもとクリエイティブ・エージェンシー の ナインティナイン ！ ただし岡村は「やはりラジオという場でしゃべり続けたい」という思いがあったことから、ラジオパーソナリティとしての続投を熱望。その旨の打診をニッポン放送は快諾、他方よしもとからは岡村に対し「一区切りの後は冷却期間をおいたらどうか」との提案があったが、岡村は「やるなら間を空けずに始めたい」とした。こうして、その後9月に入り、まず2014年9月25日、深夜近くながらもニッポン放送の前に集まった、500人以上の「入り待ち」のリスナーが出迎えたなかで、ナインティナインの2人は最終回に臨んだ。番組中盤からは、特別企画「ありがとうやべっち!ナイナイオールナイト20年!矢部浩之流行語大賞」、今回で一区切りとなる「第75回ハガキ職人大賞」、やはりこの日で最終回となった「矢部浩之のどりちんクラブ」へと進み、ラスト10数分前からは、矢部がサプライズとして「お手紙書いてきたんですよ」と、最終回に寄せての手紙という体で、リスナー・歴代のスタッフやマネージャー・岡村への謝辞を述べていった 担当ディレクターや構成作家からの提案で立ち上がる場合はネタの説明や例題が始まる前週の告知の時におこなわれる。この例題からハガキ職人たちの投稿がある。初回はネタの方向性の探りあいで投稿してくるが、優秀なハガキ職人の場合、ナインティナインの2人が笑いそうなシチュエーションを把握している場合があり、独自の世界観を展開してくることもある。最初に提案された例題からまったく意図しない方向の転がる場合の方が多い。「最初どんなコーナーだったっけ？」や「いい方向に転がり始めた」と岡村が言う場合もある。逆にイマイチ方向性が定まらない場合は「もう一週様子を見てみましょうか」や「（職人に対して）君らはやればできる子なんだから」ということがある。 2020.06.18第6回　ロナウジーニョのサイン 3月7日（水）、Webラジオ『敦士のオールナイトニッポンi』第32回が配信され、以前番組の中で、ラジオ番組にネタを投稿するリスナー“通称・ハガキ職人”を目指すと宣言した敦士が、現在の進捗状況につい … これらの作業を番組放送開始前の限られた時間の中でこなし結果を出す岡村の笑いにストイックな部分を、矢部も信頼している。役割分担に関しては岡村の方の仕事量が多いため、一時期ケンカになることもあった。番組初期からこの役割は変化せず、1997年に出版された「オールナイトニッポン大百科」で番組の取材した記事が掲載されており、机の上に岡村を囲むようにつまれたハガキとは別に写真週刊誌やスポーツ新聞に目を通す矢部と両極端な写真が掲載されている。2010年に発売された「これらの作業をこなしハガキを書いてくる職人の苦労と労力を2人はありがたく感じ、感謝しており、番組に来たゲストが出演時間をオーバーした場合にたとえ先輩であろうとも「ハガキ読まなアカンから早く帰って」と言ったり話の腰を折ったりして、ネタハガキの時間を優先させる努力をしている。それでも消化できなかったネタハガキが出てしまうこともあり、スペシャルウイークで、あえてゲストを呼ばずに「ハガキ倍増スペシャル」と題して年に数回、感謝の意味をこめてハガキを読みまくるという枠を設けている。これらに関して2人は照れくさい部分もあり、あまりこのことをくどくど説明をせず職人いじりでおちゃらけるイメージが定着していたが、16年という長期にわたる放送の中で築き上げてきたこの「分担」も新しく聞き始めるリスナーには説明不十分であったため、ネタハガキを数枚読まれたことのあるリスナーから「ハガキ職人に対するねぎらいの言葉もなく、矢部さんの宛先読みも機械的だ」と言われ、破門騒ぎに発展してしまうハプニングもあった（矢部の不調などの理由で岡村がそれらを代読するという変則的な雰囲気とそのしゃがれ声を面白がったリスナーによる矢部への物真似リクエストのメールが殺到した結果、岡村によってメールが通常よりも多く読まれるという珍事も起きた。 ナインティナインのオールナイトニッポンは、皆さんからのおハガキ・メールが頼りです。職人のあなたから渾身のネタをお待ちしております！ラジオならではのナインティナインのトークも楽しんでください！ このような矢部にアクシデントが起こった場合や、矢部が珍発言をした場合には、岡村とリスナーとが一緒になって「矢部いじり」をすることがお約束となっている。 この記事には『終了の経緯を説明するとしたそして2014年8月28日、本来はフリートーク部分となる番組前半から、終了に至る経緯の説明が始まった。マイクを渡された矢部は「実は、番組を辞めさせてほしいと申し出たのは、僕の方からなんです」と自ら切り出した。「原因はひとつではない」「番組を辞めて、良いことはないのは分かっている」などと前置きしたうえで、矢部は以下のような旨を語った。

当ウェブサイトに掲載の記事、写真などの無断転載、加工しての使用などは一切禁止します。 採用時に岡村は「こんなん（今も）扱ってるのウチのラジオだけやで」と言う（新しく立ち上げる短文のコーナーに多い）。ヘビーリスナーにとっては懐かしいと同時に笑いのツボにはまるフレーズである。長期にわたる放送期間のため分かる人には分かり、分からない人には何のことなのかわからない。現在では世代にギャップがおきており、岡村が元ネタについての解説をすることもある。 以下、第2期から新設。 加えて矢部はエンディングでも「番組が終わるだけで、（ナインティナインは）何も変わらないので」と語り、これと前後して岡村からも「（新番組は最低でも）僕が休んだ半年はやらせていただきます」「（矢部が）しゃべりたいことがあれば（新番組に）遊びに来てください」と述べ、互いにエールを送りあう形で、「ほんとに皆さん、長い間ありがとうございました」の挨拶の後、番組は普段と同じく引き続き放送された『2014年10月以降は前述の通り岡村が単独でパーソナリティーを担当していた。しかし矢部は翌週の8日（7日深夜）放送分・翌々週の15日（14日深夜）にも出演。15日の放送内でおよそ5年半ぶりに矢部がパーソナリティへ復帰することが明かされたと同時に、番組タイトルもTwitterで使用するハッシュタグは第1期や岡村単独時で使用された「#99ANN」とは異なり「2020年テーマ曲のイントロの後、岡村「どうもこんばんは」矢部「こんばんは」岡村「ナインティナインです」矢部「はい」というように始まる(第2期は岡村「どうもこんばんは、ナインティナイン岡村隆史です」矢部「こんばんは、ナインティナイン矢部浩之です」で始まる)。時報からここまでは怒鳴りを除いて毎回ほぼ同じトーン、同じリズムである（矢部単独時でも同様のスタンスで「こんばんは、ナインティナイン矢部です」と言っている）。 2020.06.25第7回　矢部さんの同級生ムツ また、プライベートはあまり関わりを持たない2人の意志の疎通の場所としても使われており、2人にとってオールナイトニッポンはテレビでのナインティナインとは違い、素顔の自分たちを出すことが出来る唯一の場でありライフワークとしてラジオを大切にしていると語ることもある。このためラジオのギャランティは低く設定されていることや、遠回しの言い方で芸能界の裏事情などテレビ番組では触れないぶっちゃけトークなども飛び出すこともある。